Der Bedarf an humanitärer Hilfe im Südsudan ist umfangreich. Aktuell gelten mehr als 4,5 Millionen von den 13 Millionen Einwohnern als vertrieben, etwa 60% leiden unter schwerer Ernährungsunsicherheit, mehr als 1 Million Kinder sind akut unterernährt und über 80% der Frauen sind Analphabetinnen. Um diesen Problematiken entgegenzuwirken sind bereits viele humanitäre Organisationen und Kirchen im Einsatz. Um in die abgelegenen Regionen des Südsudans zu gelangen, stehen diese aufgrund der schlechten Strassenverhältnisse allerdings vor logistischen Herausforderungen. Insbesondere in den Regenzeiten verwandeln sich Feldwege in unpassierbare Schlammbäder. Dazu kommt, dass die Mitarbeiter regelmässig von Milizen und Banditen angegriffen werden, wenn sie versuchen, das Strassennetz des Südsudans zu durchqueren. Diese misslichen Zustände behindern die Verbesserung der humanitären Notlage. 

Angesichts der erwähnten logistischen und gefährlichen Herausforderungen ist der Flugverkehr die sicherste und zuverlässigste Form des Transports. Deshalb unterstützen Flüge von MAF lokale und international Organisationen, indem sie deren Personal sowie Material (z.B. wichtige Medikamente) in die schwer zugänglichen Gebiete bringen. Es werden dafür gezielt kleine Flugzeuge genutzt, um vielerorts landen und starten zu können. Bisher konnten aufgrund dieses Projekts 78 Orte im Südsudan angeflogen werden, wobei 173’905 kg Material und um die 4'800 Personen transportiert wurden. Dementsprechend wird die humanitäre Hilfe im Südsudan durch das Flugtransport Projekt weitgehend unterstützt und teils erst dadurch möglich.